強納森是一名棄嬰,剛出生就被放置在孤兒院前,幸好一名船長認養了他,並供給他唸寄宿學校。只是聰明但又調皮的強納森連續被五個學校退學,養父最後幫他找到一所「聖湯瑪士合唱寄宿學校」。強納森在機場見一隻狗被主人遺棄,便將牠帶往學校,但因學校禁止養狗,在室友的建議下將小狗養在他們的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒想到此時來了一名自稱是巴布的人,謂此處是他的產業。眾人無奈離去,但巴布似乎認得學校教音樂的波克老師,遂答應照顧小狗,而且也歡迎眾人到「秘密基地」玩。由於寄宿學生與當地的學生常發生摩擦,在舉行聖誕音樂合唱之前,保管樂譜的塞巴修被當地學生關到一間地下室並放火燒了樂譜。馬丁、尤里、馬斯及強納森立刻呼朋引伴前去救人,雙方約定挑一人單打,結果馬斯勝了,但對方仍不放人,雙方展開一場雪球大戰。強納森利用雙方混戰之際救出了塞巴斯,眾人急急趕到教堂時,正好趕上了大合唱。波克本來很生氣,但在聽了強納森的敘述後反而說了一段往事。謂學校以前有兩位要好的同學,叫羅勃的因母親重病而荒廢了練唱,遂被學校罰勞役,卻由另一位同學代勞,沒想到後來羅勃偷跑至西德探望父親,害得另一位被退學,而此人正是波克。波克答應儘量不讓強納森退學,也希望同學們能自行排練一齣戲以便在聖誕節前夕演出。強納森在拖車內找到一些繞舌歌詞,於是決定以詞曲上的名字「飛行教室」作為主題訴求,但沒想到波克聽到後竟憤怒地禁止他們演出。強納森激動得踢翻舞台上的道具,結果引起一場火災,幸好不是很嚴重。當強納森道出眾人心聲時,波克也說出他與羅勃的過去往事,只是現在不知羅勃身在何處。眾人已知羅勃即是巴布,遂帶波克前去見羅勃,兩名重逢的老友緊緊相互擁抱。眾人知波克可能會被解僱,於是利用合唱之後演出了舞台歌舞劇,不但感動了校長,而學醫的羅勃也答應留在學校擔任校醫。